波风水门为了保护木叶，便自己牺牲，封印了九尾。
波风水门牺牲之后，本来猿飞日斩想要出来重新执掌木叶，但是却受到不知道什么原因回来的三忍之一纲手的反对，而随着纲手反对的，还有不少的小忍族，毕竟当初猿飞日斩之所以下台，都是因为他们的逼迫。
所以猿飞日斩不得不宣布只是代理火影之位，并且会尽快的选出第五代火影。
虽然猿飞日斩下台了，但是毕竟当了数十年的火影，他的旧部势力依旧极为强大，后来便将他的另一个弟子自来也推上了前台，成为了第五代火影。
身为三忍之一，又经历过二战，三战，在战争之中立下赫赫战功的自来也自然有成为火影的资格。
之前是因为自来也一直懒散，没有权力的欲望，所以才没有参加争夺火影，否则的话，第四代火影绝对不会轮到波风水门，而应该是自来也。
也不知道猿飞日斩怎么说服的自来也，自来也竟然还真的回来继承了第五代火影的职位，同时纲手也回到木叶担任了火影辅佐。
有着两个三忍，拥有真正影级的强者坐镇，再加上猿飞日斩等强者，木叶终于恢复了一些实力，原本见到波风水门死去还有些蠢蠢欲动的云隐顿时安份了下来。
值得一提的是，原本云忍依旧想着用抓日向一族的宗家来试探木叶的实力，结果不同于猿飞日斩的处理方式，自来也直接将这些使团绑了起来，并且致信给云隐的雷影，让他做出选择。
见到木叶依然强势，云忍也不敢有所异动，雷影自然再派使者致信给火影，说这是使用擅自的举动，云隐并没有打算挑起战争，回去之后定当严惩这些使者云云，这才将这些使者接了回去。
而除了这些之外，还有一个需要注意的是，趁着忍界大战脱离的宇智波一族，先是举族逃到了鬼之国，然后在趁着第三次忍界大战之时，吞并了雪之国、幽之国以及熊之国三个国度，建立了一个属于宇智波一族的国度－－智之国。
智之国的制度与忍界其它国度相同，都是一国一村制度，只是不同于其它国度的军政分离，智之国的大名是出自宇智波的宇智波富岳，而智之国的忍村被称为恒忍村，初代恒影则是由宇智波夜所出任。
一下子吞并了四个国度，智之国的国力一下子大涨，而之前宇智波一族在成立恒忍村之后，同样也大力宣传招收流浪忍者，再加上经过十几年借鉴着木叶的发展，恒忍村现在的实力其实甚至于已经比一直经费短缺的砂隐村还要强大一些了。
也就是说，现在的时代，忍界不再是五大国，而是六大国并列。
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